醫藥冷庫根據所存貯的藥品不同，所設定的溫度也是不同，而且醫藥冷庫內的溫度要根據季節的變化做出相應的調整，這樣才能更好的節省電力成本，降低冷庫設備的工作負荷，延長醫藥冷庫的使用壽命。
冬季冷庫的檔位需要保持在四檔以上，醫藥冷庫溫度需要控制在零度以上十度以下，一般冬天環境溫度非常低，設備溫度很容易達到控制溫度，如果設備溫度設定非常高，會導致設備開啟時間過短，設備很難達到設定的冷凍溫度，如果周圍環境溫度在16度以下，那么設備的檔位應該在五檔，如果周圍環境溫度低于10度，那么設備的檔位可以調整到六檔或者是七檔，如果周圍環境溫度非常低，在5度以下，那么可以將藥品放在設備外部保存。
冬季溫度過低，醫藥冷庫設計溫度設定需要由溫度控制設備和系統匹配完成，如果環境溫度過低，設備剛剛開啟幾分鐘就會自動關閉，冷庫內的溫度很難達到醫藥用品對溫度的需要，因此醫藥冷庫不能放置在溫度過低的地方，涼庫周邊環境溫度不能低于五度，如果低于五度，人們需要將設備移動到更加暖和的地方重新啟動運行。
夏季的時候，醫藥冷庫的實際效果會受到周圍環境影響，使用時間和耗電情況都會受到一定影響，夏天溫度較高，一般設備檔位放在二檔就可以滿足需要。